燃油濾清器有柴油濾清器、汽油濾清器和天然氣濾清器三類。其作用是濾除發動機燃油氣系統中的有害顆粒和水份，以保護油泵油嘴、缸套、活塞環等，減少磨損，避免堵塞。柴油濾清器的結構大致與機油濾清器相同，有可換式和旋裝式兩種，但其承受的工作壓力和耐油溫要求較機油濾清器低得多，而其過濾效率的要求卻比機油濾清器高得多。柴油濾清器的濾芯多采用濾紙，也有采用毛氈或高分子材料的。柴油濾清器除過濾柴油中的機械雜質外，還有一個重要的功能就是濾水。水的存在對于柴油機供油系統危害極大，腐蝕、磨損、卡死甚至會惡化柴油的燃燒過程。柴油濾清系統的除水方式主要是沉淀�；蚴窃跒V清器的下部設一沉淀腔，或是采用專門的沉淀器。無論是濾清器下部的沉淀腔，還是專門的沉淀器都設有放水閥，當水積聚到一定量時開閥放水。

汽油濾清器有化油器式和電噴式之分，使用化油器的汽油發動機，汽油濾清器位于輸油泵進口一側，工作壓力較小，一般采用尼龍外殼，電噴式發動機的汽油濾清器位于輸油泵的出口一側，工作壓力較高，通常采用金屬外殼。汽油濾清器的濾芯多采用濾紙，也有使用尼龍布、高分子材料的。